نحوه اعمال مالیات به نرخ صفر برای سرمایه‌گذاری اقتصادی در شهرک‌های صنعتی و ویژه اقتصادی بدین شرح است که در یک دوره ۱۳ ساله مشمول معافیت مالیاتی از طریق محاسبه مالیات به نرخ صفر هستند. این قاعده مربوط به مناطق کمتر توسعه یافته است.
همچنین در این مناطق، مالیات سال‌های بعد از دوره ۱۳ ساله محاسبه مالیات با نرخ صفر تا زمانی که جمع درآمد مشمول مالیات واحد به دو برابر سرمایه ثبت و پرداخت شده برسد، با نرخ صفر محاسبه می‌شود و بعد از آن مالیات با نرخ‌های مقرر در قانون مالیات‌های مستقیم محاسبه خواهد شد.
نحوه اعمال مالیات با نرخ صفر برای شهرک‌های صنعتی و ویژه اقتصادی در سایر مناطق بدین گونه است که در یک دوره هفت ساله مشمول معافیت مالیاتی از طریق محاسبه مالیات به نرخ صفر می‌شوند.
همچنین نحوه اعمال مالیات به نرخ صفر برای واحدهای مستقر در شهرک‌های صنعتی و ویژه اقتصادی که در سایر مناطق هستند بدین گونه است که ۵۰ درصد مالیات‌های بعد از دوره هفت ساله محاسبه مالیات با نرخ صفر زمانی که جمع درآمد مشمول مالیات واحد معادل سرمایه ثبت و پرداخت شده شود با نرخ صفر درصد و ۵۰ درصد باقی‌مانده با نرخ‌های مقرر در قانون مالیات‌های مستقیم محاسبه و دریافت می‌شود و بعد از آن نیز ۱۰۰ درصد مالیات متعلقه با نرخ‌های مصوب دریافت خواهد شد.
گفتنی است؛ فهرست مناطق کمتر توسعه یافته توسط هیات دولت و در برنامه‌های پنج ساله توسعه تعیین می‌شود.
براساس این اطلاعیه سازمان امور مالیاتی، چنانچه سرمایه‌گذاری‌های انجام شده با مشارکت سرمایه‌گذار خارجی با مجوز سازمان سرمایه‌گذاری و کمک‌های اقتصادی و فنی انجام شده باشد، به ازای هر پنج درصد مشارکت سرمایه‌گذاری خارجی به میزان ۱۰ درصد به مشوق مذکور به نسبت سرمایه ثبت و پرداخت شده و حداکثر تا ۵۰ درصد اضافه می‌شود.
این معافیت شامل واحدهای تولیدی و معدنی مستقر در مناطق ویژه اقتصادی و شهرک‌های صنعتی واقع در شعاع ۱۲۰ کیلومتری مرکز استان تهران نمی‌شود.
شرایط اعمال مالیات به نرخ صفر درصد به این گونه است که از اول سال ۱۳۹۵ از طرف وزارتخانه‌ها یا مراجع ذیربط برای این واحدها پروانه بهره برداری صادر شده باشد یا این‌که قرار داد استخراج و فروش منعقد شده باشد.
همچنین مؤدیان اظهارنامه مالیاتی شامل ترازنامه و حساب سود و زیان، دفاتر قانونی، اسناد و مدارک حسابداری خود را در سازمان موعد مقرر قانونی به سازمان مالیاتی تسلیم کنند.
همچنین مؤدی درآمدهای خود را به طور کامل و شفاف به سازمان امور مالیاتی ابراز کند، زیرا مالیات با نرخ صفر درصد صرفا شامل درآمد ابزاری به جز درآمدهای اعمال شده است.
